La phagothérapie est une stratégie prometteuse pour lutter contre l'antibiorésistance et pour améliorer le pronostic des infections associées au biofilm, comme les infections à staphylocoques. Les études dans ce domaine ont principalement rapporté l'isolement ou l'utilisation clinique de phages anti-S. aureus. Les phages ayant un spectre d'activité étroit, généralement limité à une seule espèce bactérienne, seuls quelques phages anti-S. epidermidis ont été décrits alors qu'il s'agit d'un pathogène majeur de ces infections. L'entraînement des phages («phage training »), consistant en leur évolution dirigée contre des bactéries résistantes, permet d'élargir leur spectre d'activité et pourrait être une alternative à l'isolement de phages spécifiques anti-S. epidermidis à partir d'échantillons environnementaux, qui peut être fastidieux et peu concluant.

Selon le protocole « Appelmans », nous avons cultivé pendant 30 passages successifs un mélange de trois phages anti-S. aureus précédemment caractérisés (V1SA9, V1SA12 et V1SA15) sur 7 souches de S. epidermidis et la souche de production des phages ancestraux. Nous avons isolé 19 sous populations de phages (A1-5, B1-5, C1-4, D1-5) sur 4 souches différentes (nommées A, B, C et D) après l'entrainement. L'extension du spectre d'activité a été évaluée contre les 7 souches d'entraînement et 71 autres souches de S. epidermidis de 10 sequences types (ST) différents (incluant une forte proportion (47/71) de souches du ST2, clone multirésistant aux antibiotiques diffusant mondialement). Les modifications génomiques associées à l'entraînement des phages ont été évaluées par séquençage.

Le mélange de phages obtenu après entrainement présentait un gain d'activité contre 2/7 souches (A et B) de S. epidermidis par rapport aux phages ancestraux (seul V1SA9 était actif contre 1 autre de ces 7 souches (C)).

L'analyse des génomes des sous populations isolées sur les souches C et D (souche de production) a montré qu'elles étaient identiques à V1SA9 alors que les sous populations isolées sur les souches A et B étaient issues de multiples recombinaisons entre les génomes des phages ancestraux V1SA9 et V1SA15 dans des proportions différentes.

Les sous populations C1-4 et D1-5 ne présentaient pas de gain d'activité par rapport au phage V1SA9. Le spectre d'activité des sous populations A1-5 ou B1-5 était homogène au sein des groupes avec un gain d'activité limité respectivement à la souche d'isolement A ou B ou à des souches du même sequence type (19/47 souches du ST2 pour les phages A1-5).

Nous rapportons pour la première fois l'utilisation des protocoles de «phage training » pour étendre le spectre d'activité d'une espèce à une autre. Le gain d'activité des phages anti-S. epidermidis isolés semble faible mais peut s'étendre à des souches génétiquement proches ce qui est particulièrement intéressant dans le cas de sequence types fréquents comme le ST2.

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